El protagonista llega a la estación de Inaba para vivir con su tio Dojima durante un año escolar. Todo parecia tranquilo hasta que una densa niebla cubre todo el pueblo tras el hallazgo de el cadaver de una locutora local colgada en una antena de televisión. Tras estos sucesos, sumados a la leyende del Canal de Medianoche, Yu y sus nuevos amigos descubren un poder que les hace capaz de atravesar las pantallas de la televisión...
Dentro del mundo de la TV, el grupo descubre que las personas que aparecen en el Canal de Medianoche son arrojadas a este mundo para enfrentarse a sus "Sombras", manifestaciones de suis miedos y secretos más oscuros. Tras salvar a Yosuke, Chie y Yukiko de una muerte segura, el grupo monta el Equipo de Investigación. Gracias a esto, el equipo comienza a aceptar sus propias inseguridades para despertar a sus "Persona", guardianes espirituales que utilizan para combatir las Sombras y rescatar a las victimas
Llega el verano y este trae consigo el caso de Mitsuo Kubo, un estudiante que confiesa ser el asesino tras la muerte de un profesor. Pero tras derrotar a su sombra, el equipo percibe que algo no encaja... Mientras descansan con descansos en la playa o festivos escolares, la detective Naoto Shirogane comeinza a sospechar de la incompetencia policial, terminando ella como objetivo del asesino y uniéndose al equipo tras ser rescatada
En un punto crítico de la investigación, Nanako, la pequeña prima del protagonista, es secuestrada. Este hecho les llega a perseguir a Taro Namatame, lo cual les lleva a un enfrentamiento donde el límite entre la justicia y la venganza se vuelve difuso. Tras una gran reflexión y busqueda de pistas omitidas, el equipo descubre que el verdadero culpable es alguien que ha estado observando desde el primer dia, utilizando el caos de la niebla para jugar con el destino
Con los asesinatos detenidos, la tranquilidad está en el ambiente, pero surge un nuevo interrogante sobre el origen de la niebla y la amnesia de Marie, una joven misteriosa que apereció en la Habitación Terciopelo, un lugar donde solo el protagonista puede acceder. Por este interrogante, el equipo se adentra en una última mazmorra. Esta mazmorra, alimentada por el deseo de la humanidad de vivir en una mentira cómoda, amenazaba a todo el mundo en vivir siempre en la niebla. Tras una pelea intensa contra Izanami, la causante de toda la niebla, se desvela la verdad absoluta y el equipo de Investigación sale venciendo. Tras esto, Yu se despide de sus amigos en la misma estación en la que llegó, sabiendo que, aunque el año ha terminado, los lazos formados en Inaba serán eternos...